El cabildo de la catedral de Cuenca reclamó sus servicios para levantar un Transparente (ventana de cristales que ilumina y adorna el fondo de un altar) que rivalizara con el levantado por Narciso Tomé en la catedral de Toledo. Rodríguez lo situó en un ambulatorio gótico, de forma que resplandeciera gracias a la iluminación posterior e indirecta, por cuyo medio se consiguen unos espectaculares efectos.
Entre 1755 y 1767 realizó la exquisita decoración interior de la iglesia del Real Monasterio de la Encarnación, en Madrid, con claras reminiscencias de los modelos del barroco romano, su fuente de inspiración predilecta.
En este momento, su éxito parecía no conocer límite.
Sin embargo, Fernando VI encarga al arquitecto francés Jacques Marquet importantes obras en Aranjuez y, tras su muerte, el nuevo rey,
Carlos III, lo aparta de las Obras Reales (al igual que a Sacchetti), nombrando, en 1760, como Maestro Mayor de las Obras Reales al palermitano Francesco Sabatini, quien ya había trabajado para él durante su etapa como rey de Nápoles y Sicilia (como Carlos VII), concretamente en la construcción del Palacio Real de Caserta, obra que dirigió su maestro y suegro Luigi Vanvitelli. No obstante, fue tal la cantidad de encargos que recibió, sobre todo de particulares, que sus obras se encuentran repartidas por toda la geografía española. Un hecho resultó decisivo para ello: su nombramiento, en 1766, por parte del Consejo de Castilla, como supervisor de los planos de todos aquellos edificios que necesitaban la licencia del Consejo para su construcción; es decir, todos los proyectos que tenían que ser enviados a la Contaduría General de Arbitrios y Propios del Reino (órgano dependiente del Consejo de Castilla, creado por real decreto de 30 de julio de 1760, para supervisar y controlar las finanzas municipales de todos los reinos de España) pasaban por la jurisdicción de Ventura Rodríguez.
Hacia 1760, influye mucho en él la obra de Juan de Herrera y el estilo de placas para la composición de alzados, aunque la planta y el espacio sigan siendo barrocos. Un ejemplo es el Convento de los Agustinos Filipinos de Valladolid, el colegio de Cirugía de Barcelona (1761, sede actual de la academia de Medicina), en el que sólo la geometría y la tectónica confiere expresividad a sus fachadas, el ayuntamiento de Haro (1769) y sus proyectos para la nueva Biblioteca y la fábrica de Vidrio de La Granja.
Abordó la arquitectura palatina, dejando diseños en los que se refleja su dependencia del trazado de la residencia real: Palacio de Liria (1770), que tiene características de barroco italiano; Palacio de Altamira (1773-1775) -en la calle de la Flor Alta, actualmente sede del Istituto Europeo di Design-; dos palacios para el infante don Luis, hermano de Carlos III: el Palacio de Boadilla del Monte (para el que diseñó también los muebles) y el Palacio de Arenas de San Pedro (en esta última localidad construyó igualmente la Capilla Real en el Convento-Santuario de San Pedro de Alcántara); Regalía y Osuna.
Sin embargo, nada le pudo compensar de la pérdida del favor real, a lo que se unió el fracaso de algunos proyectos: la puerta de Alcalá (construida finalmente por Sabatini en 1764) o la basílica de San Francisco el Grande (también terminada por Sabatini en 1768). A todo ello se añadió la muerte de su esposa en 1776.
También es de su autoría la actual iglesia del monasterio de Santo Domingo de Silos. Dada la escasa sensibilidad hacia las obras del medievo de que hicieron gala todos los artistas de la época, no tuvo reparo en derribar el primitivo templo románico del que no ha quedado sino una parte del transepto y la Puerta de las Vírgenes que lo comunicaba con el claustro. El propio claustro estuvo en trance de desaparecer bajo su piqueta, debiendo su salvación a la falta de presupuesto.
Murío en Madrid el 26 de agosto de 1785. Sus restos reposan en la capilla de los arquitectos de la iglesia de San Sebastián
